机制不够完善
目前开展政府采购工作除了依据《政府采购法》和财政部的几个文件外，涉及采购具体操作的很多环节上没有具体法规规定做保证，各地只有自行制定一些运行办法，操作规程进行运作；有些县还在使用《政府采购法》颁布前地方制定的一些老办法、土政策，采购制度很不健全，很多地方不够完善，甚至与《政府采购法》不统一、不一致，也不够科学合理，人为因素过多、随意性大，不便于运作，不利于工作开展。
人员素质待提高
政府采购工作是一项政策性专业性很强的综合性工作，从事此项工作必须熟悉《政府采购法》、《招标投标法》、《合同法》、《产品质量法》、《消费者权益保护法》、《建筑法》等法律法规，还要具备计算机知识、商品知识、机械原理、工程技术、谈判技巧等各方面的知识。而目前在县级政府采购机构中，从业人员大多数都是从财政部门或行政单位调配的，懂政府采购系统专业知识的人员不多，而接受教育、培训的机会又有限，在工作上只有边学边干、边干边学。另外，各采购单位的采购人员也不固定，有的单位由财务人员兼职，有的单位是涉及谁的业务由谁办理，很多人员根本就不懂政府采购基本知识，工作很吃力、很被动，极易出错。
运作欠规范
由于机构设置不合理、制度不完善、采购人员素质差等原因，导致政府采购工作规范化程度不高，主要表现在：政府采购计划性不强。据调查，有很多县一级没有编制年度政府采购预算，无计划采购、分散采购、盲目采购、零星采购、规避政府采购的现象较为普遍。
采用的采购方式不当。存在应该实行招标采购的用竟争性谈判或询价方式，该用竟争性谈判方式的而用询价或单一来源方式的现象，有时一笔采购业务同时用几种方式。有的地方独创一些不恰当的方式，如“议标”采购、“协商”采购等等。采购信息发布不透明。信息发布范围小，未按规定在指定的媒体发布，政府采购信息知晓率低，信息发布有失公平；采购文件制做不规范。文件格式不标准，采购文件制做没有遵循客观公正的原则，任意渗透采购方个人主观意见，带有“暗箱操作”之嫌，文字组成逻辑性不强、不严密；指定品牌采购现象突出；采购过程不规范；合同签订、履行、验收以及资金支付等环节或多或少都存在一些不规范的问题。
来源：政府采购信息报
